يحتل محور الرعاية الصحية ومكافحة المرض حيزاً رئيسياً من نطاق عمل مؤسسة أركان ، حيث تعمل المؤسسة ضمن هذا المحور على التصدي لأبرز المشكلات الصحية الأساسية، والعمل على مكافحة الأمراض المعدية والأوبئة، وتوفير الرعاية الصحية الملحة خاصة في قطاع الأمومة والطفولة، ورفع المعاناة عن الناس في المناطق الأقل حظاً من خلال توفير الخدمات الطبية الأساسية والرعاية الصحية الوقائية، إلى جانب إجراء العمليات الجراحية، وتطوير برامج علاجية وحملات وقائية وتوعوية، وتطوير آليات متابعة صحية دائمة، ودعم وتمويل برامج الأبحاث والدارسات والمنح الطبية، إلى جانب تأهيل وتمكين الكوادر الطبية، واستثمار كافة الجهود والقدرات لتوفير بيئات صحية تسهم في القضاء على الأمراض الأكثر شيوعاً.